为适应我国经济结构战略性调整的要求和软件产业发展对人才的迫切需要，实现我国软件人才培养的跨越式发展，教育部和国家发展计划委员会以教高[2001]6号文正式批准北京大学等35所高等学校试办示范性软件学院，根据文件精神，北京大学经2002年3月15日第451次校长办公会研究，决定成立“北京大学软件学院”。
根据教育部、科技部教高 [2003]2号文件：关于批准在北京大学建立“国家集成电路人才培养基地”的精神，北京大学经2004年4月20日第531次校长办公会研究决定，将 “北京大学软件学院”与“北京大学国家集成电路人才培养基地”结合，“北京大学软件学院”更名为“北京大学软件与微电子学院”。
2006年2月21日，教育部高等教育司以教高司函[2006]29号批复成立北京大学软件与微电子学院无锡产学研合作教育基地，根据无锡市和长江三角洲地区产业发展的需要和对IT人才的需求，依托北京大学的综合学科优势和信息学科优势、无锡市和长江三角洲的区域产业优势，无锡产学研合作教育基地将其建设目标和主要任务定为四个层面：培养实用型、复合交叉型高端人才;深入开展继续教育项目;面向企业发展需求，深入开展应用研究;根据地方产业发展规划，促进高新技术企业的孵化。
2003年12月，在教育部组织的对全国35所示范性软件学院中期评估中，北京大学软件学院综合评比排名第一，被誉为“示范中的示范”;2004年11月9日，学院荣获“北京大学教学成果一等奖”;2004年12月9日，荣获“北京市高等教育教学成果一等奖”;2005年9月,荣获高等教育“国家级教学成果一等奖”;2006年，北京大学软件与微电子学院顺利通过了教育部组织的示范性软件学院的验收评估，评估结果为“综合排名第一”。
