MEMS，即微电子机械系统，就是利用可批量化制造的微电子工艺，设计、制作和集成各类微小机械结构与系统的新兴技术，被誉为“微观世界的建筑学”。面对系统智能化、微型化、集成化发展的时代需求，东南大学以微电子学与固体电子学学科为主体、联合工程力学和机械工程学科，组建了MEMS实验室。
MEMS教育部重点实验室于2001年9月通过教育部验收正式成立，2002年和2007年先后顺利通过教育部评估。实验室依托东南大学电子科学与技术一级学科国家重点学科，聘请国内外MEMS行业一流学者成立专家委员会，是国家“211”工程、“985”工程重点建设部门。目前用房面积逾3200平方米，中心实验室固定人员33人，其中教授9人、副教授12人。科研团队中有教育部“***奖励计划”特聘教授1人，国家***科学基金获得者2人，教育部“新世纪人才支持计划”入选者5人。每年招收硕士约30人，博士约10人。
秉持“多元、协作、卓越”的发展理念，以国家需求为导向，面向国际前沿，实验室在CMOS MEMS、RF MEMS、MEMS CAD、MEMS封装与可靠性、NEMS等方向上成立了专业的研究团队，团结合作，锐意进取，逐步发展成为国内外知名的MEMS研究基地。近5年承研国家重大专项2项，973课题2项，863课题10项，国家自然科学基金16项，其中重点项目2项，总研究经费逾6000万元;研究成果获国家技术发明二等奖1项、江苏省科技进步一等奖1项、教育部自然科学奖一等奖1项。
